呼吸都忘记了，夏草甚至在一瞬间想到，如果陈源被一下子重伤，那么他和苏云将再没有一点生还的可能，因为以苏云的恢复系异能，是绝不可能挡住那只巨大的怪鸟的，更不可能在这只怪鸟的凶猛攻击下，救下重伤的陈源。纽约市下水道，四只小海龟和一只小老鼠由于接触了含有放射性物质的凝胶而变异为巨大的人化生物。暴躁冲动却富有激清的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰），幽默风趣的的米开朗基罗（迈克林·西提 Michelan Sisti饰），个性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰）以及他们的领导者达芬奇（大卫·福尔曼 David Forman饰），这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市除暴安良的神圣使命。他们神勇无比、所向匹敌，在多次行侠仗义后，与城市里的一个神秘组织结怨。神秘组织展开一次突袭，由于寡不敌众，忍者神龟受了重伤，同时，他们的老师也被这个神秘组织抓去。
