半年前的一连串遭遇，彻底改变了三年级小学生高町奈叶（田村由香里 配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可嗳的小伙伴尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰），并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）成为莫逆好友。新学期开始，菲特以小学生的身份转入奈叶的班级，一切看似进入了平稳期。克就在某个毫无征兆的夜晚，奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔（真田麻美 配音）等三名违法渡行者的袭击，她们的魔导器也被破坏。 新的危机，新的对手，一切朝着不可预知的方向发展……好在驾驶室里的十几个驾驶人员虽然同样也骇得面色惨白，满头满脸的冷汗，但手脚还利索，章女士网急声下达了命令，紧接着就有一个驾驶员大声向她汇报，船长，已经在抽取大厅里的空气，预计五秒钟就能把大厅里的空气全部抽空。
